Do việc khai thác và phát triển chưa hợp lý như phát triển công nghiệp và khai khoáng ồ ạt, chặt phá rừng phòng hộ đầu nguồn cũng như phát triển làng nghề chưa có quy hoạch cụ thể và việc xử lý nước thải còn bị coi nhẹ v.v nên nguồn nước, cảnh quan và hệ sinh thái của sông Cầu cũng như lưu vực đang bị suy thoái và có nguy cơ cạn kiệt, nguồn nước ngày càng bị ô nhiễm nặng nề, giảm giá trị sử dụng, ảnh hưởng xấu đến sản xuất và đời sống, môi trường sinh thái, cảnh quan thiên nhiên.

Ngày 23 tháng 6 năm 2001, tại thị xã Bắc Giang đã diễn ra Hội nghị Chủ tịch Ủy ban nhân dân 6 tỉnh (thuộc đề án sông Cầu) lần thứ 4 nhằm tìm ra giải pháp toàn diện cho các vấn đề kể trên. Tại hội nghị đã ký "Thỏa ước về hợp tác bảo vệ và khai thác bền vững sông Cầu và lưu vực sông Cầu".

Hiện trên sông Cầu có các cây cầu bắc qua:

• Cầu trên xã Đôn Phong, huyện Bạch Thông, Bắc Kạn, nối xã với tỉnh lộ 257
• Cầu trên xã Dương Phong, thành phố Bắc Cạn
• Cầu Dương Quang, thành phố Bắc Kạn
• Cầu Phà, thành phố Bắc Kạn
• Cầu Phà mới (Cầu Bắc Cạn 2), thành phố Bắc Kạn
• Cầu Bắc Kạn, thành phố Bắc Kạn
• Cầu tại xã Mỹ Thanh, Bạch Thông, Bắc Kạn
• Cầu Thác Giềng, trên quốc lộ 3B, Phường Xuất Hóa, thành phố Bắc Kạn
• Cầu trên xã Cao Kỳ, huyện Chợ Mới, Bắc Kạn
• Cầu Nà Nậm, xã Thanh Bình, Chợ Mới, Bắc Kạn
• Cầu Nà Khon, trên tỉnh lộ 256, Chợ Mới, Bắc Kạn
• Cầu Cao Ngạn, trên quốc lộ 1B, nối xã Sơn Cẩm với xã Cao Ngạn, tỉnh Thái Nguyên
• Cầu Gia Bẩy, tỉnh Thái Nguyên, Thái Nguyên
• Cầu treo Huống, thành phố Thái Nguyên - Đồng Hỷ, Thái Nguyên
• Cầu đường sắt đi Trại Cau, Thái Nguyên
• Cầu Mây, trên quốc lộ 37, huyện Phú Bình, Thái Nguyên
• Cầu Vát, nối xã Trung Giã, Sóc Sơn, Hà Nội với xã Hợp Thịnh, Hiệp Hòa, Bắc Giang
• Cầu Đông Xuyên, nối huyện Hiệp Hòa, Bắc Giang và huyện Yên Phong, tỉnh Bắc Ninh
• Cầu đường bộ Thị Cầu, nối thành phố Bắc Ninh- huyện Việt Yên, Bắc Giang
• Cầu Như Nguyệt, Bắc Ninh - Bắc Giang
• Cầu Yên Dũng, nối huyện Quế Võ, Bắc Ninh với huyện Yên Dũng, tỉnh Bắc Giang (đã thi công)